如果更换了加长法兰圈后马桶底部仍然漏水，可能有以下原因：
1. 安装不当：加长法兰圈可能没有正确安装，导致密封不严。请确保法兰圈安装牢固，与马桶和排水管道紧密连接。
2. 法兰圈质量问题：购买的加长法兰圈可能存在质量问题，无法提供良好的密封效果。建议购买质量可靠的法兰圈，并确保其与马桶和排水管道的尺寸匹配。
3. 马桶或排水管道问题：马桶底部或排水管道可能存在裂缝、损坏或堵塞等问题，导致漏水。检查马桶和排水管道是否有明显的损坏或堵塞，并进行修复或清理。
4. 密封胶问题：在安装法兰圈时，可能没有使用足够的密封胶或密封胶没有涂抹均匀，导致密封不严。请重新涂抹密封胶，并确保密封胶完全覆盖法兰圈和马桶底部的接触面。
5. 马桶安装不平：如果马桶安装不平，可能会导致法兰圈受力不均，从而影响密封效果。请检查马桶是否安装平稳，并进行调整。

如果以上方法都无法解决问题，建议联系专业的马桶维修人员进行检查和维修。他们可以更准确地判断问题所在，并提供有效的解决方案。同时，在安装和维修马桶时，建议遵循相关的安装说明和操作规程，以确保安全和正确使用。