如果圆珠笔掉进了马桶里，以下是一些建议的处理方法：
1. 不要冲水：首先，切勿立即冲水，以免将圆珠笔冲到更深的管道中，增加取回的难度。
2. 使用工具捞取：可以尝试使用一些工具，如长柄夹子、钳子或类似的抓取工具，小心地将圆珠笔从马桶中捞出来。
3. 拆马桶：如果以上方法无法成功捞取，可能需要考虑拆下马桶来取回圆珠笔。这需要一定的专业知识和工具，如果你不确定如何操作，建议请专业的管道工人或维修人员来处理。
4. 防止堵塞：在取回圆珠笔后，要确保马桶排水畅通，避免出现堵塞问题。可以使用马桶疏通剂或其他适当的方法进行疏通。

需要注意的是，在处理过程中要注意安全，避免使用过于尖锐或强力的工具，以免损坏马桶或造成其他问题。如果圆珠笔无法取回，也不要强行操作，以免引起更严重的堵塞或损坏。

此外，为了避免类似情况再次发生，建议在使用马桶时注意将物品放置在安全的地方，避免掉进马桶中。同时，定期清理马桶和排水管道，保持其畅通。